vp6蛋白质形成壳体的体积。它是抗原性强的蛋白质，并且可以被用来分辨轮状病毒的种类。这个蛋白质被实验室用来进行轮状病毒a种感染症的各种测试上。

vp7蛋白质是一种建立病毒体外层表面的糖蛋白。扣除掉它在病毒结构上的功用之外，它也决定该病毒珠的g型。vp7蛋白质跟vp4蛋白质一样，都被免疫力（immunity）当作是防止感染的途径。

病毒的非结构性蛋白

nsp1蛋白质是第5号基因的产物，是一种非结构性蛋白质，而且也是核糖核酸结合蛋白质（rna-bindingprotein）。

nsp2蛋白质是一种核糖核酸结合蛋白质，此种蛋白质会堆积于细胞质内含物（即病毒质，viropla?s?m）之中，并且是一种基因体复制时所需的蛋白质。

nsp3蛋白质受到感染细胞中的病毒信使核糖核酸影响，它负责停止细胞蛋白质合成的工作。

nsp4蛋白质是一种病毒性肠毒素（enterotoxin），会引起腹泻的症状。此蛋白质是首种发现的病毒性肠毒素。

nsp5蛋白质是由轮状病毒a种基因体第11号基因编码的产物。而在受病毒感染的细胞中，nsp5蛋白质堆积在病毒质中。

nsp6蛋白质是一个结合核酸的蛋白质，是由第11号基因于开放阅读框架阶段的编码产物。

轮状病毒的基因与蛋白质

核糖核酸片段

（基因）

尺寸

（碱基对数）

蛋白质

分子量

（kda）

所在位置

功用

1

3302

vp1

125

位于核心的顶点

核糖核酸依赖性的核糖核酸聚合酶（rdrp）

2

2690

vp2

102

形成核心的内壳

刺激病毒的核糖核酸复制酶

3

2591

vp3

88

位于核心的顶点

鸟苷酸转移酶，信使核糖核酸加帽酶

4

2362

vp4

87

表面刺突

细胞附着，毒性

5

1611

nsp1

59

非结构性

对于病毒成长非必须

6

1356

vp6

45

内壳体

结构性与物种特殊性的抗原

7

1104

nsp3

37

非结构性

强化病毒信使核糖核酸的活性，并停止受感染细胞的蛋白质合成

8

1059

nsp2

35

非结构性

包含在核糖核酸包装中的核苷三磷酸酶（ntpase）

9

1062

vp7

vp7

38

34

表面

结构性与中和抗原

10

751

nsp4

20

非结构性

肠毒素

11

667

nsp5

nsp6

22

非结构性

结合nsp2调节因子的单链核糖核酸与双链核糖核酸

该表的资料是基于感染类人猿的轮状病毒sa11病毒株所编写。[4]在不同的病毒株中，核糖核酸与蛋白质之间的编码预测会有所不同。

复制

轮状病毒感染小肠绒毛（villi）的肠黏膜细胞，改变上皮组织的结构与功能。[5]轮状病毒的三重蛋白质外层使它们可以抵抗胃中的胃酸以及消化系统中的消化酶（digestiveenzyme）。

病毒借由受体媒介的内吞作用进入细胞，并且形成一个称作核内体（endosome）的囊泡。轮状病毒第三层的蛋白质（即vp7与vp4刺突）会分解核内体的外膜，而创造一个钙浓度不同的外膜。这个改变导致了vp7蛋白质三聚体破裂为一个单一蛋白质的子单元，留下围绕在病毒双链核糖核酸外面的vp2与vp6蛋白质，形成双层构造的病毒颗粒（dlp）。

七条双链核糖核酸链依旧维持两层蛋白质层，并提供病毒核糖核酸依赖性的核糖核酸聚合酶（rnareplicase或rna-dependentrnapolymerase，rdrp）创造双链病毒基因体的信使核糖核酸转录复本的保护。借由把病毒核糖核酸保持于病毒核心，病毒核糖核酸躲避了先天宿主的免疫反应。这个免疫反应称为核糖核酸干扰，会因为双链核糖核酸链的表现而触发。

在感染的过程中，轮状病毒产生信使核糖核酸来生物合成蛋白质并且进行基因复制。大部分的轮状病毒蛋白质都堆积在病毒质中，病毒质也是核糖核酸复制的地方，以及双层构造病毒颗粒组装的地方。病毒质于病毒感染细胞约两个小时之内就会快速地在细胞核周围形成，而组成所谓的“病毒工厂”，这个病毒工厂是由两个病毒非结构性蛋白质（nsp5与nsp2）所制成。nsp5蛋白质如果因为核糖核酸干扰而被压抑功能，会明显地减弱轮状病毒复制功能。新生的双层构造病毒颗粒则会移动到内质网，它们将在此处获得它们第三层外层（由vp7与vp4蛋白质所构成）。最后，这些后代病毒就会经由细胞裂解（lysis）释放到细胞之外。[6]