刘辩呢喃道：“刘裕此人不仅才华横溢，而且还能带兵打仗，实属文武全才啊。”
刘裕于义熙七年班师回到建康，受太尉、中书监职位。次年四月，朝廷以刘毅为荆州刺史。此时，刘毅还割据着豫州、江州，都督荆宁秦雍四州及司州之河东河南广平、扬州之义城四郡诸军事，雄兵一方，其弟刘藩同时还占据着兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。而刘毅自以能力不亚于刘裕，甚不服在刘裕以下，他表面上拥戴刘裕，内心却极度妒恨，刘裕虽每每以宽柔随顺他，但刘毅骄纵跋扈越加严重，多次阻扰刘裕推行政令和布置人事。并打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕。他亦得朝中有名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知其有异心，于是假意答允其请求。但就乘刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，将二人赐死。
接着刘裕就亲自率军自建康出发讨伐刘毅。他命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。刘毅部下参军朱显之与刘裕前锋大将王镇恶相遇，率领所属一千人奔赴江陵保护刘毅。王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内以示众人，刘毅恼怒，不开启书信且将其书信焚烧。刘毅一边督促自己亲信的援军到来，一边督促士卒死战。众士卒知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，在离江陵二十里处的牛牧寺自缢身亡。刘裕随后率军攻克江陵，诛杀了刘毅亲信郗僧施，随后又逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫州，江州。刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
消灭刘毅后，刘裕又图伐蜀。义熙八年十二月，因赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，刘裕不顾他人反对，超擢他为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。
刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，必会猜度晋军这次想由外水进攻，然而因想出其不意，仍然从内水进攻。故此认为谯蜀应当会置重兵在涪城，于是决定晋军主力这次要从外水进军成都，以疑兵出内水。为免军情外泄，刘裕特别将一封密函交给龄石，示意到白帝时才能打开，故此大军自江陵出发后一直都不知循何道进军，谯蜀亦无从以晋军势态察知刘裕的图谋。至白帝时，朱龄石公布密函:"大军一律经外水攻向成都，臧熹、朱林在中水攻取广汉，命弱兵搭乘十多艘高舰由内水兵向黄虎。"此后朱龄石就率大军加快速度行军。而谯蜀果如刘裕所想，设主力防备内水，命谯道福在涪城驻以重兵，别遣侯晖及谯诜领万余屯彭模，依水两岸建城垒作防御。
义熙九年，晋军成功灭谯蜀，巴蜀地区再入南方版图。刘裕加授羽葆、鼓吹及班剑二十人。刘裕灭蜀后，下令精简各地劳役，让人民得到休息。
早在义熙元年，仇池国氐王杨盛趁谯纵叛晋之机，发兵占据了无主的汉中。后遭后秦攻击，仇池又以地请降后秦。义熙三年四月，仇池趁后秦西面战事受挫，便又统兵占据了汉中。义熙九年，刘裕征蜀时，就图谋收复汉中。当刘裕的西征大军攻占益州，灭掉西蜀政权后，便趁胜出击汉中反攻仇池守军，仇池一溃千里，被迫撤出汉中，献上降表，向刘裕称臣。
“此人之能力，不再李靖，刘伯温等人之下。”刘辩想着。
自从东晋建立以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，老百姓流离失所，不能保持自己的产业。刘裕掌握朝政以后，大力宣传规章制度，施行土断，禁止兼并。会稽余姚的世族虞亮藐视国法，藏匿逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪强肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪，再也不敢像以前一样胡作非为。在这以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符实，刘裕于是上表申明从前的规定，严整法纪，对地方选拔上来的人才专门进行考试，如有不实，一律严查，保证官员的选拔公正，唯才是举。义熙十年，刘裕上表减轻徭役，让民休养生息。以前，山湖川泽都被豪强士族所夺取，百姓打柴、采摘、打鱼、垂钓，都要强迫交税，刘裕上表下令一律禁绝，免征，还山于民，还地于民。当时人们的居住很不统一，刘裕上表制定了条例，于是都依划分的土地为准，施行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在划分的范围。各个流民聚集的郡县，有许多进行了合并。
在义熙八年刘裕征讨刘毅时，晋宗室司马休之占据荆州。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵强，又是建康门户，对中央形成巨大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的雄心。义熙十年，司马休之之子司马文思在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶。后司马文思欲谋杀刘裕，被刘裕发觉，刘裕将司马文思交给司马休之，让他处置，实质就是要司马休之将其处死。然而，司马休之并没有杀司马文思，只是上表废除其谯王爵位，并写信向刘裕道歉。这举动令刘裕对其大感不满，立刻就命江州刺史孟怀玉戒备。义熙十一年，刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。刘裕前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死，刘裕大怒。然而当他到时，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令刘裕难以登岸，刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，直捣襄阳，荆、扬二州尽被刘裕吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。