公元27——40年光武帝平陇西、巴蜀，初定东汉。息战养民。恢复西汉田租旧制，三十税一。

光武帝率军南征北战花了几年的时间平定了两河流域的大小军阀。

河西和江南在新末大乱时闭关自守，两不相帮。东汉初定后，两地军阀向光武帝归顺，回归汉朝。

西域也表示愿意回归汉朝。但光武帝暂时没有能力顾及西域。

巴蜀的公孙述自立为帝，陇右的隗嚣首鼠两端，光武帝以其“远据边陲”，决定“且当置此两子于度外耳”。他想让连年作战的军队歇一歇，对远在边陲的公孙述和隗嚣暂时置之不理。

其实还有一个地方比巴蜀更恶劣。安定郡三水县（宁夏同心县）人卢芳自称汉武帝的曾孙，在匈奴人的扶植下割据北部边境五原（内蒙包头）、朔方（内蒙古杭锦旗）、云中（内蒙古托克托）、定襄（内蒙和林格尔）、雁门（山西朔州右玉县）五郡为帝，伙同匈奴人袭扰汉朝边境。

光武帝能力有限鞭长莫及也只能暂时忍耐。

连年战争，国力已经严重透支。灾荒加上兵祸，有的地方“黄金一斤易豆五升”。人口也损耗严重，“并（合并）省（裁减）四百余县”。粮食和人口都已无法支撑战争。光武帝希望尽快停止战争，把军队调回来，休兵养民。

光武帝急于撤兵反倒刺激起隗嚣的野心。隗嚣主动出兵进攻东汉，意图袭取长安做皇帝。

隗嚣攻破汉军防线长驱直入。汉军以逸待劳打了一个漂亮的伏击战，并且顺势追杀占领了北地郡（甘肃庆阳）、上郡（陕西绥德县）、安定郡（甘肃镇原县）三郡。河西五郡也在窦融的率领下进攻隗嚣的侧翼，一直打到黄河西岸。

窦融是新朝的将领。新朝覆灭后，河西五郡（酒泉郡、武威郡、张掖郡、敦煌郡、金城郡）抱团自守，共推窦融为主事。窦融率领五郡归顺汉朝，配合光武帝铲除分裂势力。

隗嚣战败丧军失地，但仍不肯投降，与公孙述结成军事联盟，继续与东汉为敌。

隗嚣在得到公孙述的军事援助后出兵进攻安定。汉军再次击败隗嚣并趁乱袭取了略阳（陕西略阳县）。

略阳是隗嚣的战略要地。隗嚣倾军而出反攻略阳。

光武帝知道略阳易守难攻，不急于增援略阳，让略阳最大限度地消耗隗嚣的战斗力。几个月后，隗嚣打不动了，人疲马乏。光武帝认为是时候了，亲自率军西征陇西。窦融闻讯也派兵助阵。正在围攻略阳的隗嚣主力被汉军反包围。

隗嚣的部将听说光武帝御驾亲征，没信心打下去了，纷纷向光武帝投降。隗嚣宁死不降，逃往西城（甘肃天水西南）负隅顽抗。

恰逢河东守军叛乱威胁洛阳，光武帝留下部分军队继续进攻西城，自己率领主力急驰回京。

西征部队把当地的粮食都吃光了也没能攻克西城，只好暂时撤兵。隗嚣在公孙述的帮助下发动反攻收复了失地。

但是关中大灾，隗嚣的军队也搞不到粮食吃。身为统帅的隗嚣也仅能喝碗稀粥。隗嚣连饿带病，死了。

汉军回去筹齐粮食反攻陇西，很容易便拿下陇西。

汉军与隗嚣作战期间，公孙述趁虚而入杀入湖北。巴蜀军队顺江而下击败汉军的层层关卡，占据了荆门（湖北宜昌长江西岸）。

光武帝摆平陇西之后立即调转枪口去打巴蜀。汉军为打巴蜀特意建造了数千艘楼船。楼船类似装甲运兵船，只露船桨不露人。汉军坐着楼船逆江而上杀入巴蜀。沿途的巴蜀守军对汉军的楼船束手无策。他们的弓箭伤不到汉军。而汉军却可以站在楼船上向他们射箭。巴蜀修造浮桥拦截楼船。汉军发动火攻烧毁浮桥继续前进。

汉军长驱直入杀到江州（重庆）。重庆一时难以攻克，汉军便使用蛙跳战术，放弃重庆继续逆江而上，不给巴蜀从容部属的时间。

公孙述调集全部兵力部署到长江沿线准备阻击汉军。汉军见状退回江州，改道岷江逆江而上，长途奔袭两千里，攻克了武阳（四川眉山彭山县）。武阳离公孙述的都城成都只有数十里。公孙述在长江布置的道道防线全部白费。

汉军进攻广都（四川成都新区）抢占军事要地。光武帝派出增援部队准备成都决战。援军沿途攻克了江州等成都以东的城池，与广都汉军合兵一处。

汉军向成都发动总攻，八战八捷，杀入成都外城。公孙述拿出所有的金银财宝，招募了五千敢死队。敢死队奇袭汉军，差点杀死汉军主帅。汉军主帅侥幸逃生，吓个半死，打算撤军，所幸被手下劝阻。汉军打起精神再战，三战三捷，打败了成都守军。公孙述战死。成都宣布投降。巴蜀最终被汉军平定。

打下陇西和巴蜀，光武帝基本恢复了汉高祖时期的版图。虽然距西汉鼎盛时期还有很大差距，但光武帝不想再打了。