世界观
游戏的冒险舞台是过去的神奥地区——洗翠地区，这是很久以前人类罕有与宝可梦一起生活的时代。虽然它与《宝可梦钻石·珍珠》有着不同的时代背景，但二者之间也有一些关联。例如《宝可梦钻石·珍珠》中的“祝庆市”就是由主角所在的冒险据点“祝庆村”发展而成的，游戏中登场的马加木则是在《钻石珍珠》中登场的山梨博士的祖先。[8]
洗翠地区
洗翠地区中央耸立着天冠山，山的周围分布着多个环境各异的地域。各个地域都拥有极具特色的自然环境，栖息在各地的宝可梦的生态系统也各不相同。比如在花草繁茂的“黑曜原野”似乎就栖息着很多喜欢草原或森林的宝可梦。[4]
在洗翠地区，栖息着一些获得了神秘庇佑的特别的宝可梦们。宝可梦的种类多样，有些格外强大的宝可梦被称为“王”或“女王”，据说还有些宝可梦会帮助人类。它们每只都蕴藏着一般的宝可梦所没有的力量。故事将由主角与这些特别的宝可梦的邂逅来展开。[14]
游戏剧情
在洗翠地区，有一个人们攘来熙往的村子“祝庆村”。主角会住在祝庆村内的宿舍，并以这个村子为据点展开冒险。[4]由于调查宝可梦的资质被认同，主角因而加入银河队，成为了调查组的一员。[35]主角的冒险目的是与所有的宝可梦相遇，并为了完成洗翠地区的第一本宝可梦图鉴而在这里展开冒险。[36]作为银河队的一员，主角将受到会成为故事关键的调查委托。调查任务将以祝庆村为据点展开。受到委托，并做好冒险准备的话，主角就可以出发前往洗翠地区的各地展开调查。顺利完成调查后，主角会返回村子，为下一次调查做准备。[3]
角色介绍
玩家角色
游戏开始时，玩家会化身为在洗翠地区生活的主角，玩家能够选择主角的性别、外表和风格。玩家选择的主角为男性时会以“明耀”开始游戏，选择女性时会以“小照”开始游戏。[5]根据玩家所选主角的性别，明耀或小照将会以调查组前辈的身份登场，并积极协助加入银河队的主角，是一位值得信赖的前辈。[6]
明耀（左）和小照（右）
明耀／小照
配音：上远野龙也（明耀）藤井环（小照）
来到洗翠地区的主角会在祝庆村邂逅形形色色的人物，并成为银河队的调查组的一员。[5]
银河队
为了调查洗翠地区，有很多人从各种各样的地方前来，并在“银河队”这个组织下展开活动。银河队以祝庆村为活动据点，由负责调查宝可梦生态的“调查组”，以及“医疗组”、“警卫组”等组成。而主角由于调查宝可梦的资质被认同而加入银河队，成为了调查组的一员。[35]
拉苯博士
从别的地区而来的宝可梦博士。他带来的3只宝可梦中，有1只将会成为主角最初的搭档。
身为银河队调查组的一员，他平时研究着宝可梦的生态，并打算完成宝可梦图鉴。[6]
马加木
统领银河队的老大。
虽然有时很严厉，但却深受队员信赖。其实他还很喜欢相扑。[7]
星月
银河队调查组组长。
无论是对自己还是对别人都很严格。在她了解到主角的资质后，会允许主角参加银河队的入队考试。
此后，她会委托主角做各种各样的调查，并在一旁守望主角的成长。[9]
活动团体
除了主角所属的银河队之外，洗翠地区还有名为“金刚队”和“珍珠队”的2个团体在活动。
入队考试的内容是去黑曜原野捉住大牙狸、姆克儿和小猫怪这3种宝可梦。
主任务和副任务我就不为大家说明了，懂得都懂。接下来就要选择自己的初始宝可梦了，御三家就是火球鼠、水水獭、木木枭。在前代都是人气宝可梦，选择的话，可以参考这篇文章：点击进入，当然你直接选自己喜欢的也可以，选完后博士会给予主角【精灵球×20】。
获得宝可梦后，前往村子东边的正门，会遇到一个穿着有些像“林克”名为望罗的npc，见面就是宝可梦战斗，这场战斗可以轻松取胜，然后学会新的宝可梦招式，获得【伤药×5】，就可以出城了。
波克比lv5（弱：毒、钢）
从正门出发前往黑曜原野，进行捕捉，在捕捉大牙狸的过程中了解到注视的内容。
捕捉姆克儿需要蹲在草里投球。
接着会看到一个有果子的树，扔出宝可梦撞树就会有树果掉下，以后看到这种树都可以放出宝可梦。
最后捕捉小猫怪，在这里了解到通过注视来查看信息，和与野生宝可梦战斗，和前作一样，把对手打到低生命值，然后扔球捕捉即可（不能打死哦）。
回到银河队总部向星月提交任务，获得【调查组制服】和【调查组草鞋】，回到宿舍的镜子换上衣服就可以了，以后所有换装都可以在屋内的镜子完成。回到总部还得到一个小红帽。
前往银河队总部的3楼了和马加木队长对话后，正式入队，任务完成。
为了完成宝可梦图鉴，必须进行图鉴课题。向拉苯博士请教详细的方法吧。
拉苯博士给予了主角宝可梦图鉴，接下来就要去黑曜原野，然后听拉苯博士讲解图鉴的说明。
接下来就是在开放世界中完成图鉴，一直抓宝可梦就行。在捕捉泳圈鼬之后，会获得【工艺套组】和【材料单：伤药】。
完成课题后，就可以回村了。期间有一些支线可以接取。
找星月提交图鉴，升为1星队员，可以只用沉重球和控制20级以下的宝可梦了。获得【材料单：沉重球】、【材料单：活力碎片】，任务完成。
支线任务1-要进化的刺尾虫
委托人：英卓
英卓从博士那里听说了关于宝可梦进化的事情。受英卓所托，帮他捉来刺尾虫吧。
报酬：晶晶蜜×3
这个任务在银河队总部门口接取，去黑曜原野抓到刺尾虫，上交即可完成任务。
支线任务2-可爱的姆克儿
委托人：日葵
日葵对姆克儿的可爱之处称赞有加。受她所托，让她看看姆克儿吧。
报酬：精灵球×10
在杂货店门口接取，然后需要完成姆克儿的图鉴，然后拿图鉴给日葵看，再给她一个姆克儿就完成任务了。
支线任务3-小猫怪的耳朵是什么样的?
委托人：士俊
士俊因想不起小猫怪耳朵的花纹而内心烦躁。受他所托，让他看看小猫怪吧。
报酬：伤药×3
在照相馆门口接取任务，直接把之前主线任务获得的小猫怪给他看就ok了。
支线任务4-泳圈鼬比个头
委托人：实建
实建在和个头小的泳圈翻─起生活。受他所托，将个头大的泳圈融让给他吧。
报酬：橙橙果×5、经验糖果s×1
在【黑曜原野-驰风道】的河边，很容易抓到个头比较大的泳圈鼬，拿回去交差即可
主线-阿米的委托
委托人：阿米
接取任务后，前往训练场与明耀/小照对话，进入战斗。
皮卡丘lv9（弱：地面）
战胜对手后，经过剧情，前往黑曜原野，从大志坡到鹿角山道目前只有一个桥能通过，通过桥就会看到阿米，和她的小卡比兽对战，战胜后，就能去鹿角山岗了。
小卡比兽lv10（弱：格斗）
来到鹿角山岗后，就要对阵头目音箱蟀，虫属性，如果御三家选得火球鼠，直接轻松击败，如果用其他两只，可以在前往鹿角高岗的路上抓两只小拳石，然后用岩石属性击败它。击败之后，就可以完成任务了。
头目-音箱蟀lv12（弱：火、飞行、岩石）
支线任务6-菇诱团的广告代言人
接取地点：黑曜原野-正汉
完成方法：
·在营地旁的守卫处购买【糯糯菇】
·将【糯糯菇】交给正汉
任务奖励：菇诱团材料单×1
支线任务7-和飘飘球一起玩
接取地点：银河队总部-告示板
任务解锁方法：飘飘球登录图鉴。前往开放世界再回到祝庆村，去银河队总部黑板接取任务。
完成方法：
·与警卫组的树央对话
·去宿舍睡觉，睡到【傍晚】
·前往初始沙滩（就是掉下来被博士捡到的地方）
·救下小孩子
·找树央交付任务
任务奖励：星星沙子×1
支线任务8-顽皮大牙狸三重奏
接取地点：银河队总部-告示板
任务解锁方法：大牙狸登录图鉴。前往开放世界再回到祝庆村，去银河队总部黑板接取任务。
完成方法：
·与警卫组的绸希对话
·携带【大牙狸】
·在祝庆村【宿舍西边】、【农场东北边】、【农场最南边】抓到3个大牙狸）（下图数字所示）
任务奖励：神奇糖果×1
支线任务9-超音蝠的眼睛
委托人：银河队总部-告示板
任务解锁方法：超音蝠登录图鉴。前往开放世界再回到祝庆村，去银河队总部黑板接取任务。
完成方法：