就在各教忙着洪荒传道收徒时，道教二代大弟子孔宣在一个人族部落发现了第三个人荒。孔宣显的异常高兴，不为别的而是师祖在他们几人出岛时特意交代，无论如何要将其带回岛，对他的关注明显高于其他人皇。鸿蒙在道教弟子心中可以说是说一不二，哪怕是鸿蒙叫他们死也决无二字。别说孔宣，就是云宵、碧宵、琼宵、三人如果找到第三人皇轩辕黄帝肯定是异常高兴，有什么能比完成师祖心愿重要啊。孔宣进得部落，看了一眼认出他的部落众人后，他来到轩辕面前道：“今日吾将收你为我道教三代弟子，为师将带你回岛修炼百年，你可愿意。”轩辕忙跪地道：“徒儿轩辕拜见师傅。”孔宣大喜，一片祥云裹住师徒两瞬间出现在鸿蒙岛上。孔宣带着轩辕来到道教祖师殿，欲让其先拜过祖师金身神像后在拜见道教两位教主。当他来到大殿时只见师祖正端坐大殿中间蒲团之上，而师傅众位师叔分坐两旁。只见师祖微笑的对自己徒弟轩辕道：“你和我有一番机缘，而我徒孙收你为徒，自然了了那份机缘，你要好生学习，好好的为人族兴旺努力，我知道你们不明白，此番机缘你们自然无法明白，恐怕这鸿荒之中亦无人明白，咳今日我终于了了一个心愿。”说完鸿蒙不再理会众人闭眼神游太虚而去，轩辕拜过祖师教主后，和孔宣出去自行修炼而去，虽说众人有无数疑问，可是鸿蒙不说，谁也无从得知。
轩辕天赋更是再次让鸿蒙岛道教上下大惊，短短四十年修为突破大罗金仙，直至太清玄仙境界。而他的学习在鸿蒙指示下更是多了排兵、布阵、治国等很多在修道之人看来无用的东西。轩辕也确实天赋异常，整日对各种知识学习理解举一返三，很多东西更是有自己独特见解，很快百年之约，转眼即到，修为达到准圣的他到了下山之时，鸿蒙在他下山之时赐下六字：“善待、造福、兴旺。”轩辕对着鸿蒙宫三拜后道：“祖师爷放心，轩辕一定不辜负你的期望，善待族人、造福族人、兴我人族。”
回到部落的轩辕在会盟被推荐为人皇后，在各族之中挑选精锐组建了人族第一支军队。他改革了以前的分散管理，使得各部落更有效的通力协作，一方有难四方支援，将以前松散的部落联盟加以整合，形成初步的半封建王朝，使得遇见状况大家都能第一时间知道，第一时间驰援。经过挑选训练，人族精锐军队战力不断提高。
就在轩辕回到人族四十年后，经过四十年轩辕呕心沥血的治理下，人族渐渐形成轩辕所在人皇联合部落为中心，四边各有一个联合部落，联合部落首领也是经过精心挑选，能力威望出众之人担当。建立了人皇联合部落的十万军队，四大联合部落各五万军队，合共三十万军队，军队平时除了训练、保护族人外，更是部落劳动主力军。经过多年发展，洪荒生存环境条件已经大大改善，食物、生病等问题也不再困扰人族，洪荒大陆现在也出现各种生灵，人族丰衣足食，过着以前不敢想象的生活。就在一切朝着健康有序方向发展时候，西北部落传来不好消息，有一不明种族不断袭击人族部落，已经造成不小损失。轩辕组织除了必要守卫力量外合共十万大军前往西北部落，讨伐异类。
双方经过一场苦战，人族精锐在损失了一万余人，轩辕大惊，对方只有二十余万，可是他们个个身高数仗，力大无比。人族虽说有伏兮、神农传下强身健体之术，亦有数千精锐学得道教等各教道法，可惜无法同异族对抗。而且，对方首领及其十八个护卫更是无人能挡，自己虽然厉害，可是自己无法兼顾太多，就在轩辕愁眉不展时，孔宣前来，他带来了一把鸿蒙赐下宝剑。同时他还授予轩辕一秘术，可以拖住对方首领及其护卫。孔宣微笑的对轩辕道：“徒儿不必担心人族合应有此一难，你可以一边拖住他们，一边传授他们我们道教初级法术，为师施法为你拖住十年时间，可惜为师等不能直接插手，你可要好好炼化此剑，让你族人好生学习，十年后你们再战过。”孔宣使一神通后只见双方对峙的中间出现一个屏障，轩辕能感觉的到就是自己亦破不了它，而此时人族大军众人脑中忽然出现了一写奇妙的东西，就在他们迷惑不解时候，孔宣缓缓升到半空清喝一声道：“你们好生领悟我所传之神通，否则谁也救不了你们。”说完他瞬间消失不见，众人见是在圣殿中供奉的圣子显灵，纷纷跪倒在地。
短短十年时间，弹指而过，十年时间里，轩辕炼化了宝剑，对道教大法更是有了新的领悟。而近二十万军队根据资质有些更是修炼到金仙境界，最低的也是天仙道果，一时之间人族实力大增，不再是十年前一接触就损失一万余人，唯有靠轩辕一人独挡的尴尬局面。时间一到屏障消失，对方阵中众人如梦初醒，见到人族杀了过来。轩辕知道擒贼先擒王，他一声大喝道：“蚩尤，你可敢和我一战。”对方阵营一个手持具斧的巨汉道：“兀那轩辕小儿，有和不敢。”说完抡起巨斧杀了过来，两人立马战至一块，蚩尤虽然不识法术，可是其天生神通无比，恍如洪荒霸主巫族重生。说起这蚩尤的九黎族，实际上是巫族一丝精血所化，后土化身六道，留下一丝遗泽，方留巫族一丝血脉，可叹他们不懂的天道给其所留之生机，自恃神通他们自认为自己是洪荒霸主，岂容渺小的人族霸占洪荒，在修养生息多年后，他们认为时机成熟杀向人族。这一场大战只打的天翻地覆，蚩尤虽说之有大巫水准，可是乃是十一大祖巫精血所化，自然非凡。一场大战经历十年后轩辕在斩杀蚩尤于剑下后成了定局，此时人族参战二十万精锐亦只剩五万余人。虽说巫族合该灭亡，但是人族是在巫族之后得那洪荒霸主之位，两族亦算是彻底了了一场因果。而:轩辕也顺利得证那人皇之位，他也随同两位人族先辈，隐入火云洞，不再过问俗世。人族有了三皇功德教化，开始大兴，成了洪荒真正霸主。而道教更是由于教化三大人皇，恩泽人族，凭空得了那无上人族气运，实为最得益者。