临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特表列如下：
机关名称成立日期地点
陆军部一月九日督练公所
海军部一月十七日水师学堂
外交部一月十一日原设总统府内，三月
二日迁鼓楼前狮子桥
司法部一月十二日甲家巷
财政部一月十七日旧藩署
内政部一月十七日江南政务厅
教育部一月十九日交涉署（碑亭巷外务司）
实业部一月二十三日劝业道署
交通部一月二十三日粮道署
法制局一月十五日中协署（今肥侯府）
南京卫戍总督府一月十四日
本来武昌方面和上海方面的革命同志意见就不太协和，事情肇因由于黄兴，黄兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。南京组府时，推举黎元洪为副总统，也是黄兴的建议，其目的即在调和武汉，不过武昌首义的志士甚多，仅让黎元洪一个人做副总统，在武昌方面看来是不公平的。当时黎元洪下面的革命同志中，最重要的有一位孙武，他对策划起义，贡献很大，起义前一天，孙武试验炸弹，不幸爆发被炸受伤，举义后孙武是军务部长，南京临时政府成立前，孙武由武昌到了上海，因为他和黎元洪接近，所以对黄兴很不好，由于和黄不睦，言谈之间，自然对上海方面的革命同志也不好。陈其美对孙武的印象便非常不佳。临时政府筹组时，孙武希望做陆军部次长，可是陆军部总长是黄兴，黄既然不欢喜孙武，自不会拉他作次长。于是孙武便被摈弃，就因此使得武汉和宁沪之间更形貌合神离。
当临时政府的人事尚在磋商时，有一天，于右任去找黄兴，恰巧这天胡汉民、宋教仁都在黄处，黄见到这位西北革命领袖、《民立报》的主持人，便笑着说：“你来得正好，我们正在谈组织政府的人选，你有什么意见？我们大家不妨交换一下。”于表示有一件事必须注意，就是在政府人选中，应该多容纳武昌首义的革命同志。不幸于的意见并未被黄完全采纳。当时孙中山先生甫由国外返国，对于组府人事黄兴意见最被尊重，黄认为已经公举黎为副总统，武昌方面应该满意了，所以各部次长多由海外归国同志出任。至于章炳麟（太炎），原本是提名他为教育部长，未被各省代表会同意，遂告落空。章是个学问家，但个性很怪，他参加革命一心想做一个国师，想象戏台上的诸葛亮或是刘伯温，不料南京临时政府组成后竟没有他的份，遂使他也站到武昌方面。由于武昌不满南京组府的人事，而浙江的陶成章也与武昌接近，因此浙江一部分革命同志亦倾向武昌，使宁汉之间的裂痕更加扩大。
同盟会在革命时期一直是个秘密组织，南京临时政府成立，才决定改为公开组织，以“巩固中华民国，实行民生主义”为宗旨，举孙中山先生为总理，黄兴、黎元孙为协理，宋教仁、胡汉民、马君武、刘揆一、平刚、张继、李肇甫、汪兆铭、居正、田桐为干事。实际责任由宋教仁负责。
辛亥革命前，革命志士的观念多是“排满”的狭义民族主义，所以革命成功后，部分革命党员以为目的已达，过去结合的因素消失，加上组府的人事问题，革命的其他意见，因此分化的作用便随之发生。章炳麟的光复会本是同盟会的一个支系，辛亥光复后，同盟会主急进，章派主缓进。南京政府成立后，章即脱离同盟会，民国元年1月3日先组织中华民国联合会。后来张謇一派的预备立宪公会因同以江浙人士为中心之故，遂与章之中华民国联合会合并，组成统一党，以注意民生采用社会政策、发展国民经济等十一项为政纲，由章炳麟、程德全、张謇、熊希龄为理事，汤寿潜、唐绍仪、汤化龙等为参事。另一方面孙武因不满黄兴，乃约湖北临时参议员刘成禺、张伯烈等组织民社，以拥黎为号召，主张“进步主义，以谋国利民”为宗旨，发起人有黎元洪、蓝天蔚、谭延-、王正廷、王鸿猷、孙武、张振武、吴敬恒、刘成禺、宁调元、张伯烈、汪彭年等。这个民社可说是以湖北人为中心。
章炳麟有学问，古怪，是个大胆敢说的人，孙大总统对他很优容。在南京组府时，章有一信给孙大总统，请戒饬左右，孙中山先生以章素好诋诃，不以为意。章遂再上一书云：“……武昌倡义，曾不二月。南北肃清，首发难者不敢居功，而况吾侪鼓吹之士？……仆亦尝与人言，孙君今日莅中国而总群黎，非复曩日秘密结社时也，宜屏去幸人，委心耆秀，东西从者三数浮浪之人，一律资遣归国，无令杂处，然后搏精一志，劳来四民，南方虽弱，足勉自成就，尝传达其言于汪兆铭……箴规不听，不得不着之报章……仆虽浅拙，亦尝涉历世变，死生之分，一系于执事耳。”孙大总统对这位狂妄的国学大师不以为忤，还聘为总统府的枢密顾问，其聘函典雅可诵，有谓：“执事目空五蕴，心殚九流，撷百家之精英，为并世之仪表，敢奉国民景仰之诚，屈为枢密顾问。庶几顽懦闻风，英彦景附，昭大业于无穷，垂型范于九有。伫盼高风，无任响往，急惠轩车，以慰饥渴。”从这封聘函可以看出孙大总统的豁达大度，实在是一位伟大的开国领袖。
中华民国的临时参议院是在国民元年1月28日上午8时正式成立，议员到会的有17省38名议员。孙大总统致祝词，然后黄兴、蔡元培、居正、马君武相继演说。最后推选林森为议长，王正廷为副议长。
南京临时政府时期，孙中山先生和17省代表所组成的参议院之间，始终存在着相当的距离。
古老的中国，根本就没有国旗，及至西方列强侵入中国后，清朝才制定国旗，当时决定以“黄龙旗”作为大清帝国的国旗。龙是个抽象的东西，封建时代它代表皇帝，而黄色则是清朝的代表色，“朕即国家”，所以黄龙为清国旗是很合理的。可是龙只在中国有象征意义，对西方各国则毫无意义，外国人根本不知道这是个什么动物？加上早期的黄龙旗是三角形，三角形的国旗在世界国旗史中还没有，三角形旗上的动物又是大家从来未见过的动物，洋人不知龙为何物，只好叫它是一个“有爪之蛇”！
武昌起义时，革命军所用的旗帜是代表十八行省的“铁血十八星旗”；后来又改为代表汉（红色）、满（黄色）、蒙（蓝色）、回（白色）、藏（黑色）的五色旗代表五个民族。南京临时政府成立时，临时参议院议决，以五色旗为中华民国的正式国旗。孙大总统却坚决主张以青天白日旗为国旗，他提请参议院复议的咨文中曾列举如下的理由：
“贵院议决以五色旗为国旗，本总统认为未可遽付颁行。清国旧制，海军以五色为一二品大官之旗，今黜满清之国旗而用其官旗，未免失礼。五色旗用意为五大民族，然其分配代色，取义不确，如以黄代满之类。且既云五族平等，而上下排列仍有阶级。……天日之旗为汉族共和党（注：即同盟会的前身兴中会）人用之于南方起义者十余年，乙未年陈皓东身殉此旗。……青天白日取象宏美：中国为远东大国，日出东方，为恒星之最大者，且青天白日示光明正照，自由平等之义……”
临时参议院认为青天白日旗仅是同盟会一个党派所制定，不能代表全国，而五色旗已经为武昌革命军所采用，就具有极大的历史意义，因此该院仍然决定以五色旗为国旗，而将青天白日旗改为海军军旗，并将武昌革命军初期所用的十八星旗规定为陆军军旗。
兴中会早期曾用过红、蓝、白三色旗，红色象征“流血以求自由”，蓝色代表“公正平等的天空”，白色说明“人心皎洁而互爱”。三项意义表示“自由、平等、博爱”。这个三色旗不久即为青天白日旗所取代。