石达开再次打回湖北，攻占了武昌。

石达开没有急于南下湖南找曾国藩决战，而是回兵扫荡江西，解决后顾之忧。他数月间连克江西八府五十多县，包围了省府南昌。

西征得胜，杨秀清随即派兵东征。清军的江南、江北两大营全被攻破。

南京三年之围得解。

就在太平天国形势一片大好之际，天京出现内乱。洪秀全急招石达开回京勤王。

天京之乱是杨秀清引起的。

杨秀清坐龙椅东指西画，洪秀全睡龙床左拥右抱，两人本来相安无事。洪秀全自称万岁，封杨秀清为九千岁。但是杨秀清觉得天下其实是我打下来的，凭什么我叫九千岁，你叫万岁。他假借天父下凡逼洪秀全也封他为万岁。洪秀全不得不答应，心里却老大不痛快。

下面人早就对杨秀清大权独揽、飞扬跋扈非常不满，总想扳倒杨秀清。太平天国的第八号人物陈承熔密告杨秀清谋反。洪秀全也认为杨秀清图谋不轨，暗中调韦昌辉、石达开回京勤王，打算除掉杨秀清。

正在江西督战的韦昌辉最先回到天京。他没有去皇宫护驾，而是直接奔杨府，将杨秀清一家老小全杀了。他杀完人拎着杨秀清的人头进宫请功。

洪秀全责备他说：我让你去抓人没让你去杀人。你不分青红皂白就把杨秀清杀了，他手下的人能干吗？

韦昌辉说这好办，扭头出去了。他带兵包围了杨秀清的直属部队，假传圣旨让他们缴械。等他们缴械之后，他下令把他们全杀了。一声令下杀了两万多人。

这时石达开赶到，见到这个情况责备韦昌辉滥杀无辜。俩人话不投机，不欢而散。

韦昌辉越想越郁闷。我为你们除了一害，没落着好反倒落了一身不是。杀红了眼气昏了头的韦昌辉派人去杀石达开。所幸石达开腿快，翻越城墙而跑。韦昌辉杀了石达开全家泄愤。

气消了的韦昌辉发现自己闯下大祸。杀了杨秀清，得罪了洪秀全、石达开，这在太平天国还怎么混？他原本想杀了杨秀清能够取而代之，现在看来已是不可能的了。

狗急跳墙的韦昌辉一不做二不休带兵攻打皇宫。做二号人物不成，我干脆做一号人物。

天京的太平军一看，韦昌辉疯了，逮谁咬谁，一拥而上把韦昌辉给灭了。

石达开带兵回来报仇，驻兵城外，准备攻打天京。洪秀全忙叫人拎着韦昌辉的脑袋去见石达开说明情况。石达开随即罢兵，进京来见洪秀全。

石达开回京，合朝欢呼，众望所归。洪秀全顺应民意，让石达开“提理政务”，主持军国大事。

五王死了四个，按说石达开顺位成了二号人物。但经此内乱，洪秀全觉得石达开也不是能够信得过的人。他提拔年轻将领李秀成与石达开同掌兵权，提拔两个哥哥洪仁发、洪仁达为王与石达开同掌政权。

石达开发现自己被架空非常不满，同时又对洪秀全的无端猜忌非常不安。这家伙一气之下带兵出走，跟洪秀全决裂了。

石达开带走十几万人。太平天国的防务陷入混乱。清军趁机发动反攻，收复湖北，包围九江，并且重建江南、江北大营。太平天国再次陷入清军的两面夹击之中。

石达开率军远征四川，想仿效张献忠闭关为王。但路过湖南的时候被湘军截住，于是掉头南下回广西老家。但广西太穷了，在南京享受过荣华富贵的部下不愿再过苦日子了。虽说金窝银窝不如自己的土窝，但真住上金窝银窝谁还肯回到自己的土窝？将士陆续脱离石达开转回天京。石达开无奈只得离开家乡再次进军天府之国。

石达开取道贵州向四川进发。一路上被地方武装袭击、被清兵围追堵截，队伍越打越少，还没到四川就已经损失大半。石达开军至紫打地（在四川西南部的大渡河中游南岸，现在叫安顺场），准备强渡大渡河。但是很不走运，适逢雨季，洪峰来临，大渡河水位暴涨，水流湍急。石达开想在这里架桥或船渡都不可能，只能等洪峰过去。这一等，没等过去洪峰，把清军等来了。

清军的堵截部队在大渡河北岸陈兵以待。清军的追击部队伙同当地土司的军队切断了石达开的后路。紫打地这个地方隘口险窄，易进难退。清军只要守住隘口，石达开就插翅难逃。

石达开粮草耗尽，陷入绝境。无奈之下，石达开下令砍树造筏，不惜一切代价强渡大渡河。但是在清军的枪炮下，强渡谈何容易。石达开组织的数次强渡都被清军击溃。石达开精锐尽失，士气崩溃。

石达开一看只剩下几千人，知道没戏了，径直走入清军阵营请求投降。他跟清军讲好以自己的命换部下的命。但清兵不想留后患，在石达开的军队缴械后把他们全部屠杀。

天京之乱期间，清军趁火打劫重构包围圈。就在清军准备发动全面反攻之际，第二次鸦片战争爆发。清军的围剿行动被迫搁置。