汉人将领在剿灭太平军和捻军过程中起到关键作用。战争结束后，慈禧封曾国藩为侯爵，封曾国荃、李鸿章、左宗棠等为伯爵。

不过曾国藩兄弟在战后落下个外号“曾剃头”、“曾屠户”。因为他们杀人太多了。曾国荃攻破天京后，以搜查太平军的名义屠城。“三日之间毙贼共十余万人，秦淮长河，尸首如麻”。“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二、三岁者亦斫戳以为戏。匍匐道上，妇女四十岁以下者，一人俱无；老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远”。当时城中只有万余太平军。曾国荃所杀的“贼”里面大部分是无辜的百姓。这是湘军版的“南京大屠杀”。

清朝在平定太平天国之后进入相对的安定期。

虽然各地仍有太平军或捻军残余，但已无关大局。唯一麻烦点的是陕甘地区回民变乱和新疆回民叛乱，清廷派左宗棠率军去围剿。

列强和清朝联手剿灭了洪秀全以后，关系进入蜜月期。偶有龌龊也是因为民间对洋人、洋教的抵制。各地都有百姓怒砸教堂、杀死洋人的骚乱发生。清廷尽量处理得让洋人满意。

1864年，新疆库车爆发叛乱。

清朝的伊犁将军常清急派一千清兵前去平乱。但清兵还没赶到库车，库车就已经被叛兵攻陷。叛兵以当地阿訇（相当于牧师）热西丁为首在库车建立了一个政教合一的割据政权。

热西丁是一个狂热的宗教jd分子，喊出“伊斯兰的宝剑已经砍到了异教徒的头上”的口号，煽动维吾尔人屠杀满、蒙、汉、藏、回等非维吾尔族人。

热西丁分兵四出，沿途大杀所谓“异教徒”和“叛教者”。南疆地区随即骚动起来。

迪化（乌鲁木齐）的回族阿訇妥明也趁机聚众作乱，攻击满、蒙、汉等族。北疆也跟着乱了。

当时清廷正全力以赴对付太平天国，无暇顾及新疆，希望新疆靠自身力量平乱。但新疆驻军只有万把人，根本无力对付已呈燎原之势的全疆大暴乱。

很快，伊犁地区也爆发叛乱。叛兵攻陷伊犁将军的驻地惠远（新疆伊犁霍城县）。伊犁将军全家自焚而死。叛军首领艾拉汗在伊犁自立为苏丹（相当于国王）。

清军在叛军的攻击下节节败退，最后只剩下东疆少数地区。

喀什的柯尔克孜族首领司迪克为了抵抗热西丁请浩罕汗国出兵援助。浩罕汗国对喀什垂涎已久，立即派大将阿古柏率军进驻喀什。阿古柏进了喀什，反客为主，鸠占鹊巢，把司迪克赶跑了。

阿古柏和热西丁对决，大胜热西丁。阿古柏相继占领南疆八城，建立了“哲得莎尔”汗国。

做了大汗的阿古柏开始新疆统一之战，率军北上跟妥明决斗。阿古柏在决战中再次胜出，逼降了妥明。

新疆大部已归阿古柏所有，只有西部的伊犁和东部的哈密在维吾尔叛军和清军手中。

阿古柏率军杀向伊犁。

沙俄对伊犁早已垂涎很久，绝不允许阿古柏染指。

沙俄早在艾拉汗占据伊犁后便准备出兵争夺伊犁，派出间谍入境侦察。结果间谍或被当地人打死，或被活擒。

沙俄便以此为借口，出兵伊犁。

1871年，沙俄军队打着替清朝收复叛乱地区的名义杀入伊犁。

艾拉汗正在全力以赴应对阿古柏的进攻，没想到沙俄在背后捅了一刀，很快败退下来。

沙俄抢在阿古柏之前占领了伊犁地区。艾拉汗战败被俘。

沙俄派人去找阿古柏，以承认“哲德沙尔”汗国为条件，跟阿古柏签订通商条约，向阿古柏出售军火。它一面扶植阿古柏，一面假惺惺地向清朝表示：一旦清军收复新疆，伊犁“即行交还”。它认定清军没有能力收复新疆。

当时清军正忙于平定陕甘回乱，无暇顾及新疆。

时任陕甘总督的左宗棠强烈要求收复新疆。清廷一边跟俄国人进行外交交涉，一面让左宗棠加速清剿陕甘回乱，准备进军新疆。

陕甘回乱（删去846字）

左宗棠平定陕甘回乱之后，一面休整部队，一面准备进疆作战。